El virus del Ébola y las otras grandes amenazas sanitarias a las que se enfrenta África cada día
La secuenciación profunda consiste en realizar la
secuenciación las veces suficientes para generar la máxima confianza en los
resultados.
EUROPA PRESS 29.08.2014
- 04:09h
En respuesta al brote en curso sin precedentes de la enfermedad del virus
del ébola (EVD, por sus siglas en inglés) en Africa occidental, un equipo de
científicos ha secuenciado y analizado más de 99 genomas del virus del ébola,
detectando más de 300 cambios genéticos que hacen que sus genomas
sean distintos de brotes previos. Sus hallazgos, que se publican en la
revista 'Science', podrían tener implicaciones importantes para rápidas pruebas
de diagnóstico de campo.
Los investigadores del Instituto Broad y la Universidad de Harvard, en
Estados Unidos, en colaboración con el Ministerio de Salud y Saneamiento de
Sierra Leona e investigadores a través de distintas instituciones y
continentes, secuenciaron 99 genomas de virus de ébola recogidos
de 78 pacientes con diagnóstico de ébola en Sierra Leona durante
los primeros 24 días del brote (una parte de los pacientes proporcionó muestras
más de una vez, lo que permite a los investigadores tener una visión más clara
de cómo el virus puede cambiar en un solo individuo en el curso de la
infección).
El equipo encontró más de 300 cambios genéticos que hacen que los
genomas del virus de ébola del brote de 2014 sean distintos de los genomas
virales vinculados con brotes previos de ébola y encontraron variaciones de
secuencia que indican, a raíz de las muestras secuenciadas, que el
brote de EVD comenzó a partir de una única introducción en los seres humanos y
se propagó posteriormente de persona a persona durante muchos meses.
Las variaciones que identificaron eran con frecuencia en regiones de
las proteínas de codificación del genoma. Parte de la variación genética
detectada en estos estudios puede afectar los cebadores o
iniciadores, los puntos de partida de la síntesis de ADN, que se
utilizan en las pruebas de diagnóstico basadas en la reacción en cadena de la
polimerasa (PCR), haciendo hincapié en la importancia del control genómico y la
necesidad de vigilancia.
Un paso adelante
Para acelerar los esfuerzos de respuesta, el equipo de investigación
publicó las secuencias en la base de datos de secuencias de ADN del Centro
Nacional para la Información Biotecnológica (NCBI), en Estados Unidos, por lo
que estos datos están disponibles para la comunidad científica
mundial. "Al hacer que los datos estén inmediatamente a
disposición de la comunidad, esperamos acelerar los esfuerzos de respuesta",
afirma el coautor principal Pardis Sabeti, miembro asociado senior en el
Instituto Broad y profesor asociado en la Universidad de Harvard.
Esperamos acelerar los esfuerzos de respuesta al virus
"Aunque no sabemos si estas diferencias se relacionan
con la severidad del brote actual, al compartir estos datos con la comunidad de
investigación, esperamos acelerar nuestra comprensión de esta epidemia y apoyar
los esfuerzos mundiales por contenerla", adelanta Stephen Gire, científico
de investigación en el laboratorio Sabeti en el Instituto Broad y Harvard.
El brote del ebolavirus Zaire (EBOV) de 2014 no tiene
precedentes tanto por su tamaño como por su aparición en múltiples áreas
pobladas, en contra de brotes anteriores que en su mayoría se
localizaron en regiones escasamente pobladas del oriente de Africa, con el
brote más grande en 1976, con 318 casos. El brote de 2014 se ha manifestado en
el Africa occidental más densamente poblado y desde que se detectó por primera
vez en Guinea el pasado marzo, se han registrado 2.240 casos con
1.229 muertes (hasta el 19 de agosto).
Agustín Goba, director del Laboratorio de Lassa en el Hospital Gubernamental
de Kenema, en Sierra Leona, y coautor primero del artículo, identificó el
primer caso de la enfermedad del virus del Ebola en Sierra Leona mediante
diagnóstico basados en PCR.
"Hemos establecido una vigilancia de Ebola muy por delante de la
propagación de la enfermedad en Sierra Leona y comenzamos la detección
retrospectiva de la enfermedad en muestras en enero de este año", explica
Goba. "Fue posible gracias a nuestra dilatada labor de diagnosticar y
estudiar otra enfermedad mortal, la fiebre de Lassa. Por lo tanto, podemos
identificar casos y rastrear la expansión del virus del ébola desde que entró en
nuestro país", añade.
Un posible ancestro de 1876
El equipo de investigación multiplicó por cuatro veces la cantidad de datos
genómicos disponibles sobre el virus del ébola y empleó la técnica
de "secuenciación profunda" en todas las muestras
disponibles. La secuenciación profunda consiste en realizar la secuenciación
las veces suficientes para generar la máxima confianza en los resultados.
En este estudio, los investigadores secuenciaron un promedio de
2.000 veces cada genoma del ébola para tener una visión muy cercana
de los genomas del virus en 78 pacientes. Este punto de vista de alta
resolución permitió al equipo detectar múltiples mutaciones que alteran las
secuencias de proteínas, potenciales blancos para el diagnóstico futuro,
vacunas y terapias.
Las cepas de ébola responsables del actual brote probablemente tienen
un ancestro común, que se remonta al primer estallido registrado en 1976. Los
investigadores también rastrearon la ruta de transmisión y las relaciones
evolutivas de las muestras, descubriendo que el linaje responsable del brote
actual se separó de la versión del virus del Oriente de Africa
durante los últimos diez años y se extendió desde Guinea a Sierra Leona por
12 personas que habían asistido al mismo funeral.
El equipo catalogó 395 mutaciones, más de 340 de ellas que distinguen
el brote actual de los anteriores y más de 50 diferentes del brote de Africa
Occidental. "Hemos descubierto más de 300 pistas genéticas sobre lo que
diferencia a este brote de otros anteriores", resume Stephen Gire, científico
de investigación en el laboratorio Sabeti en el Instituto Broad y Harvard.
